Мордовский университет является одним из ведущих научных центров Российской Федерации, исследования ведутся по 22 отраслям наук, по 7 из 8 Приоритетных направлений развития науки, технологий и техники Российской Федерации. Сложились и развиваются 33 научно-педагогические школы.